L'examen microbiologique des selles (coproculture, examen parasitologique des selles) recherche les agents infectieux responsables d'une diarrhée aiguë ou persistante : bactéries pathogènes, parasites, virus entériques et toxines. Sa prescription doit être ciblée selon le contexte (durée, gravité, terrain, voyage, contage) plutôt que systématique devant toute diarrhée banale.
Diagnostics à ne pas manquer
Colite à Clostridioides difficile (diarrhée post-antibiotique, recherche de toxine) pouvant évoluer vers une colite grave voire un mégacôlon toxique
Diarrhée fébrile avec signes de sepsis ou de déshydratation sévère nécessitant une prise en charge en urgence
Syndrome hémolytique et urémique en cas d'infection à E. coli entérohémorragique (diarrhée sanglante chez l'enfant)
Fièvre typhoïde ou parasitose invasive au retour d'un pays d'endémie
Diarrhée du voyageur d'origine bactérienne (E. coli entérotoxinogène, Salmonella, Campylobacter)
Parasitose digestive banale (Giardia, oxyures) chez l'enfant ou après voyage
Diarrhée post-antibiotique fonctionnelle sans colite à C. difficile
Drapeaux rouges
Signes de déshydratation sévère ou de choc
Diarrhée glairo-sanglante fébrile
Douleur abdominale intense ou défense (complication chirurgicale)
… et 1 autre dans la fiche complète.
Dans la fiche complète
La fiche « Prescription et interprétation d'un examen microbiologique des selles » de SimECOS détaille aussi 6 questions d'interrogatoire ciblées, 5 gestes d'examen clinique attendus, les examens complémentaires par ordre d'intention, la conduite à tenir en 5 étapes, 4 conseils spécifiques à l'épreuve ECOS — alignés sur les fiches LiSA et le référentiel R2C.